Fratrædelsen kommer efter mistanke om våbensalgsalg fra museets samlinger og flere måneder med rod i økonomien.
Først beskyldte Våbenhistorisk Selskab museumsdirektøren for at ville sælge museets genstande og senere har en våbenhandler bekræftet møder med henblik på opkøb.
På Kulturministeriets hjemmeside fremgår det, at direktør Ole Louis Frantzen går på pension til marts næste år.
Nationalmuseets centerleder Jens Carl Kirchmeier-Andersen overtager direktørstolen på Tøjhusmuseet med det samme.